Высшим органом управления АССАГРОС является конференция АССАГРОС, которая созывается Советом АССАГРОС один раз в год. В период между конференциями руководство деятельностью АССАГРОС осуществляет его постоянно действующий орган — Совет АССАГРОС, который является выборным коллегиальным органом, избираемый конференцией.

Члены Совета АССАГРОС:

• Чекмарёв Пётр Александрович – Председатель Совета АССАГРОС, Председатель комитета по развитию агропромышленного комплекса ТПП РФ, заместитель Президента РАН, академик
• Яхнюк Сергей Васильевич – Депутат Государственной Думы Федерального собрания Российской Федерации, член Совета АССАГРОС
• Манаенков Владимир Васильевич – Генеральный директор Исполнительной Дирекции АССАГРОС, Исполнительный директор Союза комбикормщиков, кандидат технических наук
• Рогова Наталья Дмитриевна – Заместитель Председателя Совета АССАГРОС, Генеральный директор Ассоциации «Теплицы России»
• Орлова Людмила Владимировна – Заместитель Председателя Совета АССАГРОС, Президент НП Национального движения сберегающего земледелия
• Дубровин Юрий Николаевич – Заместитель Председателя Совета АССАГРОС, Председатель Правления Россоюзхолодпром, почётный машиностроитель, академик Международной академии холода
• Мамиконян Мушег Лорисович – Председатель Попечительского совета Фонда премии П.А.Столыпина
• Лищук Владимир Васильевич – Исполнительный директор Национальной ассоциации оптово-распределительных центров
• Воронин Алексей Анатольевич – Директор аналитического департамента  Национального союза производителей молока (Союзмолоко)
• Максимкин Денис Андреевич – Заместитель директора Ассоциации Росспецмаш
• Нагаева Татьяна Николаевна – Генеральный директор ООО «Институт молока»
• Закирзянов Рустем Ильдусович – Генеральный директор ООО «Торговый дом Рустал»
• Фадеев Антон Валерьевич – Генеральный директор ООО «Агентство плодородия»